Sinir sistemi bir çok hastalıktan etkilenir. Yaralanmalar, dejenerasyonlar, yapısal defektler, tümörler ve dolaşım problemlerin bir çoğu sinir sistemini harap eder.
Beyin damarlarında oluşan kanama veya tıkanma sonucunda gelişen inme (hemipleji), travmatik beyin ve omurilik zedelenmeleri sonucunda oluşan felçler ve bölgesel sinir zedelenmeleri sonucu meydana gelen yüz felci, düşük ayak gibi  hastalıklarda fizik tedavi ve rehabilitasyon uygulamaları ile hastanın maksimum fonksiyonel kapasitesine ulaşması sağlanır.

 “Spastisite” olarak adlandırılan kas sertliklerinin tedavisinde ilaç tedavisinin yanı sıra egzersiz, lokal botulinum toksin (botoks) enjeksiyonları ve ortez uygulamaları yapılır. Kol ve bacaklarda oluşabilecek sinir yaralanmaları ve karpal tünel sendromu gibi sinir sıkışmalarının tedavisinde fizik tedavi, lokal enjeksiyonlar ve ortezler uygulanır.
Nörolojik rehabilitasyon programının amacı kişiyi mümkün olan en aktif duruma ulaştırmak, fonksiyonel bağımsızlığını elde etmesine yardımcı olmaktır. Bu nedenle hastalığın getirdiği veya sonradan oluşabilecek problemleri engellemek, en aza indirmek, mümkünse gidermek gerekmektedir.